CB-DOCK2®

RECURSO ON-LINE GRATUITO PARA DETECÇÃO DE CAVIDADES EM PROTEÍNAS GUIADA POR DOCAGEM CEGA

Resumo

Introdução: a docagem cega consiste em uma investigação inicial em busca de cavidades de uma proteína que possam atuar como sítio ativo para um determinado ligante. Sua aplicação é importante especialmente no desenvolvimento e estudo inicial de novos fármacos, antes da realização de outros estudos de docagem molecular. Objetivo: apresentar uma análise do servidor web CB-Dock2^® como ferramenta didática para apresentação de conceitos relativos à docagem cega. Material e métodos: foi desenvolvida uma proposta didática para o estudo e apresentação do servidor, usando como modelo os arquivos IBP.SDF e PDB 6M5D, referente respectivamente ao ibuprofeno e à albumina sérica humana. Resultados: as análises de docagem cega baseada em estrutura e em modelos usando o CB-Dock2^® mostraram que a cavidade 5/F2 da ASH é a que apresenta a maior probabilidade de interação com o IBP. Pontos positivos e negativos sobre a aplicação didática do CB-Dock2^® na apresentação de conceitos de docagem molecular e cega foram discutidos. Conclusões: Embora tenham sido observados alguns pontos negativos, como a disponibilidade do servidor apenas no idioma inglês e a ausência de um menu de ajuda para interpretação de resultados, estes podem ser facilmente resolvidos com a devida orientação de um supervisor ao usuário. Assim, o CB-Dock2^® pode ser considerada uma ferramenta didática e acessível, especialmente para alunos de Ensino Superior para o desenvolvimento de pesquisas e para a introdução de conceitos referentes à docagem molecular e à docagem cega.